Predprocesovanje NGS sekvenci upotrebom Galaxy platforme

28 Oct 2016
15:30 - 17:00
Sala Siniša Stanković, Vila Srbija

Predprocesovanje NGS sekvenci upotrebom Galaxy platforme

Radionica je namenjena svima koji žele da se upoznaju sa osnovama rada u besplatnom Galaxy softveru (https://galaxyproject.org/) na primeru predprocesovanja NGS sekvenci. U kratkom interaktivnom uvodu upoznaćemo se sa osnovnim radnim prostorom kojim raspolažemo nakon kreiranja ličnog naloga na Galaxy serveru i načinima korišćenja ličnog radnog prostora. Nakon toga neke od ponuđenih Galaxy alata upotrebićemo za pripremu NGS sekvenci za dalju analizu u sklopu praktične vežbe predprocesovanja NGS sekvenci.

Predprocesovanje sekvenci ključni je korak za formiranje optimalnog seta kvalitetnih podataka za ulazak u analizu. Kvalitet predprocesovanja određuje i kvalitet krajnjih rezultata analiza (poput detektovanja pojedinačnih nukleotidnih polimorfizama, ispitivanja diferencijalne genske ekspresije, itd.), jer upravo od ovog početnog koraka zavisi koje sekvence i u kom obliku će biti odabrane za dalju analizu. Kritična tačka koraka predprocesovanja jeste savladavanje kriterijuma povećanja kvaliteta sekvenci uz minimalizovanje gubitaka informacija sadržanih u neobrađenim NGS sekvencama u čemu će se učesnici i vežbati na konkretnim primerima.